隨著城鄉經濟體制改革的進展，科學技術體制和教育體制的改革也提上日程。1985年3月，中共中央作出關于科學技術體制改革的決定，5月又作出關于教育體制改革的決定，為科技體制和教育體制改革明確了任務和方向。全面改革的開展進一步激發了廣大科技工作者的積極性。1986年3月，王大珩、王淦昌等科學家向黨中央提出跟蹤世界先進水平、發展高技術的建議(后稱“八六三計劃”)。鄧小平等領導人很快作出批示。11月，中共中央、國務院決定實施發展高技術的“八六三計劃”，我國的科技事業得到極大推動。八十年代中后期，每秒一億次的“銀河”計算機系統、高能加速器北京正負電子對撞機、重離子加速器、同步輻射實驗室、運載火箭發射衛星等一批高科技成果達到世界先進水平。教育事業也在改革中得到全面發展。根據鄧小平1983年10月提出的“教育要面向現代化，面向世界，面向未來”的指示，教育改革主要是擴大學校的辦學自主權，調整教育結構，改革教育的內容和方法，努力多出人才，出好人才。為此，教育事業經費逐年提高，占國家財政支出的比重由1978年的6.79%上升到1986年的12.12%。全國開始有計劃地普及九年制義務教育，在青壯年中基本掃除文盲，各種形式的成人教育也得到很大發展，適應現代化建設需要的各類人才不斷涌現出來。

根據黨的十二大的決定，從1983年10月到1987年5月，分期分批進行了全面整黨。經過這次整黨，初步改變了“文化大革命”遺留下來的黨內思想、作風、組織不純的狀況，同時也積累了正確處理黨內矛盾的經驗，推動了新時期黨的建設。

面對改革開放和發展商品經濟的新形勢，鄧小平一再提醒全黨:一定要保持清醒頭腦，堅持四項基本原則，警惕資本主義和封建主義腐朽思想的侵蝕，反對資產階級自由化；在進行經濟體制改革的同時，必須同時推進社會主義民主和法制建設；在抓物質文明建設的同時，決不能忽視社會主義精神文明建設；越是改革開放，越要注意防止消極腐敗現象的滋長，加強黨的自身建設。1985年9月，黨的全國代表會議通過了關于制定國民經濟和社會發展第七個五年計劃的建議，增選了一批新的中央委員、候補中央委員、中央顧問委員會和中央紀律檢查委員會委員。鄧小平在會上指出，新老干部都要注意學習馬克思主義，努力針對新的實際，掌握馬克思主義基本理論，防止在日益復雜的斗爭中迷失方向，并強調當前的精神文明建設，首先要著眼于黨風和社會風氣的根本好轉。1986年9月，黨的十二屆六中全會專門作出決議，從社會主義現代化建設總體布局的高度，規定了社會主義精神文明建設的戰略地位、指導方針和根本任務，強調要用建設有中國特色社會主義的共同理想團結全國各族人民，提高整個中華民族的思想道德素質和科學文化素質。根據鄧小平一系列講話和黨中央的決議，全黨在努力推進物質文明建設的同時，逐步加強社會主義精神文明建設，廣泛開展社會主義的思想道德教育、民主法制教育，促進各項文化事業蓬勃發展，提倡做有理想、有道德、有文化、有紀律的社會主義公民。

在執行“兩個文明一起抓”方針的過程中，也出現了不一貫的情況。胡耀邦積極推進了改革開放和現代化建設，但未能對反對資產階級自由化給予應有的重視。1987年1月，中共中央政治局舉行擴大會議，批評了胡耀邦的上述失誤。會議批準胡耀邦辭去黨中央總書記職務的請求，推選趙紫陽為代理總書記。同年10月，黨的十二屆七中全會確認了這項決定。

全面改革和黨的領導的加強，推動了經濟建設。1985年底，“六五”計劃全面和超額完成。五年間，國民生產總值從4470億元增加到8568億元，平均每年增長10%，超過原計劃每年增長4—5%的速度；全國居民平均消費水平從227元提高到406元，扣除物價上漲因素，平均每年提高8.7%，大大超過1953—1980年二十八年間平均每年提高2.6%的幅度。國民經濟重大比例關系趨于協調，主要工農業產品產量都有較大幅度增長，過去長期感到困擾的一些經濟問題得到較好解決，為“七五”計劃的順利實施，為實現黨的十二大提出的奮斗目標，提供了有利條件。